传说在四千六百多年以前的上古时期，黄帝的部落(以黄河流域为主)跟蚩尤的部落大战于涿鹿之野，双方打了一年多，不分胜负。黄帝填心，忧心如焚。一天夜里，忽然梦到了玄女娘娘。玄女娘娘对他说：你要战胜蚩尤，必须找到九星运转时倒映于地上的奇点和吉门。用背孤击虚之法，可大获全胜。玄女娘娘在教给他一些秘诀后，便飘然离去。
黄帝醒来，马上将这些秘诀整理成书，就是《奇门遁甲》，又选了一个吉日良辰，修了一个很大的高台，于台上致祭，正式启用“奇门遁甲”。祭祀完后，黄帝就用“奇门遁甲”之方法，对蚩尤进行全面。交战中蚩尤作法兴起了漫天大雾，利用大雾的帮助来消灭黄帝。而黄帝在“奇门遁甲”的指导下，马上辨清了方向，又用背孤击虚之法，从生门打向死门一举战胜蚩尤。
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